Igal praktikal esineb mingeid probleeme, see on osa protsessist. Oluline on, kuidas esile kerkinud probleemile läheneda, sest see mõjutab nii tulemust kui rahulolu praktikaga.
Probleemid oleme koondanud kahte ajajaotusesse:
Üldised probleemid
Bioettevõtete spetsiifilised probleemid