Keskkonnamikrobioloogia töörühm

Uurimisteemad

Magistri- ja bakalaureusetöö teemasid keskkonnatehnoloogia erialal

 

Õlireostustele reageerimise kompleksmeete mõju mere mikroobikooslusele külmas kliimas

Teema on osa suuremast Horisont 2020 projektist, milles analüüsitakse ja arendatakse tervikmeetmeid reageerimaks õlireostustele Arktilistes meredes (Atlandi Ookeani põhjaosa, Gröönimaa lähistel kui ka Läänemeres). Projekti käigus uuritakse hajunud või kemikaalidega hajutatud õli, kohapealsel õli põletamisel tekkinud jääkide ning kokku kogumata jäänud õli mõju mere mikroobikoosluse liigilisele koosseisule. Laborikatsetes määratakse õli biolagunemise kiirus merevees ja setetes ning hinnatakse keskkonnaparameetrite mõju biolagunemise protsessile. Projektis rakendatakse Arktiliste merede mikroobikoolsuse liigilise koosseisu ja funktsionaalse võimekuse kirjeldamiseks uue põlvkonna järjestamise tehnoloogiad sh amplikoni põhist ja metagenoomide järjestamist. Saadud materjali ja avalikult kättesaadavate järjestuste andmestike bioinformaatilise analüüsi tulemusel iseloomustatakse peamisi õli biolagundavaid külmade merede mikroobi liike ja nende õli lagundamise metaboolseid radasid.

 

Vabaveelised tehismärgalad põllumajandusega seotud hajureostuse vähendamiseks

Projekti eesmärk on uurida vabaveelise tehismärgala toimimist Eesti oludes pinnaveest lämmastiku ja fosfori eemaldamisel. Uurimistöö sisaldab välitöid, laboritööd kui ka andmeanalüüsi arvutis.

 

Erinevate reoveepuhastustehnoloogiatega seotud antibiootikumiresistentuse levik keskkonda

Uurimistöö eesmärgiks uurida antibiootikumiresistentuse kujunemist reoveepuhasti mikroobikoosluses ja antibiootikumidele resistentsust kodeerivate geenide levikut keskkonda reoveepuhastitest. Uurimistöö sisaldab laboritööd kui ka andmeanalüüsi arvutis.

 

Metagenoomil põhinev mikroobikoosluse ja biogeokeemiliste ringete uurimine looduslikes ja tehismärgalades

Töö eesmärk on uurida ja võrrelda süsiniku– ja lämmastiku ringega seotud mikroorganisme looduslikes– ja tehismärgalades kasutades uue põlvkonna järjestamistehnoloogia abil saadud mikroobide DNA informatsiooni (metagenoomi). Töö eeldab huvi bioinformaatika ja programmeerimise vastu.