{"id":10,"date":"2024-04-04T04:32:24","date_gmt":"2024-04-04T01:32:24","guid":{"rendered":"https:\/\/sisu.ut.ee\/genoomikakeskus\/tu-eesti-geenivaramu-biopank\/"},"modified":"2026-01-20T18:57:48","modified_gmt":"2026-01-20T16:57:48","slug":"tu-eesti-geenivaramu-biopank","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/sisu.ut.ee\/genoomikakeskus\/tu-eesti-geenivaramu-biopank\/","title":{"rendered":"Eesti geenivaramu"},"content":{"rendered":"<p><a href=\"https:\/\/genomics.ut.ee\/et\/eesti-geenivaramu\">Tartu \u00dclikooli Eesti geenivaramu<\/a> on riiklik populatsioonip\u00f5hine biopank, millega on liitunud u 20% Eesti t\u00e4isealisest elanikkonnast. Geenivaramus<span data-contrast=\"auto\"> on \u00fcle 210\u202f000 inimese koeproovid, oomika andmed ja terviseinfo.<\/span><span data-ccp-props='{\"201341983\":0,\"335559740\":259}'> K\u00f5igi geenidoonorite genoomid on anal\u00fc\u00fcsitud \u00fchel tehnilisel platvormil (Illumina GSA k\u00f5rgtihe kiip).<\/span><b><\/b><\/p>\n<p>Alates 2013. aastast on T\u00dc Eesti geenivaramu Euroopa biopankade ja biomolekulaarressursside teadustaristu <a href=\"https:\/\/www.bbmri-eric.eu\/\">BBMRI-ERIC<\/a> liige ja t\u00e4idab selles Eesti <em>node<\/em>\u2019i \u00fclesandeid. BBMRI-ERIC on Euroopa teadusinfrastruktuuri teekaardi\u00a0 (ESFRI) objekt.\u00a0<\/p>\n<h3><b><span data-contrast=\"auto\"><br>Andmekogud<\/span><\/b><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/h3>\n<p><span data-ccp-props=\"{}\"><br><\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><span style=\"text-decoration: underline;\"><strong>GEVA andmekogu\u00a0<\/strong><\/span><\/p>\n<p><span data-contrast=\"auto\">Eesti Geenivaramu andmekogu GEVA on loodud teadusuuringute toetamiseks ning sisaldab ulatuslikku teavet geenidoonorite geneetiliste ja terviseandmete kohta.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\"> GEVA koosseisu kuuluvad:<\/span><\/p>\n<ul>\n<li><span data-contrast=\"auto\">Geeniandmed. DNA j\u00e4rjestused ja muud geneetilised markerid, mis aitavad tuvastada geneetilisi seoseid haiguste ja terviseseisundite vahel.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/li>\n<li><span data-contrast=\"auto\">Terviseandmed. Meditsiinilised andmed, sealhulgas haiguslood, diagnoosid, ravimid ja muu tervisega seotud teave.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/li>\n<li><span data-contrast=\"auto\">Sugupuuandmed. Sugupuuandmed, mis v\u00f5imaldavad uurida p\u00e4rilikkust ja geneetiliste tunnuste levikut perekondades.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/li>\n<li><span data-contrast=\"auto\">Elustiiliandmed. Teave elustiili kohta, nagu toitumine, f\u00fc\u00fcsiline aktiivsus ja muud keskkonnategurid, mis v\u00f5ivad m\u00f5jutada tervist.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/li>\n<\/ul>\n<p><span data-contrast=\"auto\">GEVA andmekogu on ainulaadne ressurss teadlastele, kes uurivad geneetika ja tervise vahelisi seoseid ning aitab kaasa t\u00e4ppismeditsiini ja isikup\u00e4rastatud ravi arendamisele. GEVA andmeid on seni kasutatud enam kui 800 teadusartiklis nii Eesti kui ka rahvusvaheliste teadlaste poolt.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/p>\n<p><span data-contrast=\"auto\">Andmekogus on tuhandeid andmev\u00e4lju, mis v\u00f5imaldavad l\u00e4bi viia mitmesuguseid uurimisprojekte. Eesti Geenivaramu menetleb igal aastal keskmiselt \u00fcle 40 uue andmev\u00e4ljastuse, mille tegevused kestavad tavaliselt 3\u20134 aastat. Andmev\u00e4ljastuste k\u00e4igus toetab geenivaramu andmetaotlejaid nii ettevalmistusfaasis (eeltaotlused), teostatavuse hindamise faasis (Eesti geenivaramu teaduskomitee, Eesti bioeetika ja Inimuuringute N\u00f5ukogu (EBIN), T\u00dc Senati load ning T\u00dc ja andmetaotleja vahelised lepingud) kui ka andmete v\u00e4ljastamise etapis, kus reaalsed andmed edastatakse GEVAst ning EGV teaduskomitee otsusel v\u00f5ivad need tulevaste uuringute edendamiseks GEVAsse tagasi j\u00f5uda.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/p>\n<p><span style=\"text-decoration: underline;\"><b>MinuGeenivaramu portaal<\/b>\u00a0<\/span><\/p>\n<p><span data-contrast=\"auto\">Tartu \u00dclikooli Eesti geenivaramu portaal <a href=\"http:\/\/portaal.geenidoonor.ee\">MinuGeenivaramu<\/a><\/span><span data-contrast=\"auto\">\u00a0on 2024. aastal avatud veebikeskkond geenidoonoritele, kes on liitunud geenivaramuga ja panustanud seel\u00e4bi \u00a0teadusvaldkonna arendamisse. MGV jagab neile teadustulemustel p\u00f5hinevat personaalset geeniinfot, pakub geneetika-alast <\/span><span data-contrast=\"auto\">\u00fcldharivat teavet ja kuvab, kust on nende andmed geenivaramusse kogutud. Lisaks saavad geenidoonorid veebikeskkonna kaudu osaleda uutes andmekogumise projektides.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><span data-contrast=\"auto\">1. jaanuari 2026 seisuga on portaali k\u00fclastanud juba \u00fcle 110 000 geenidoonori.<\/span><span data-ccp-props='{\"134233117\":false,\"134233118\":false,\"335551550\":0,\"335551620\":0,\"335559738\":240,\"335559739\":240}'>\u00a0<\/span><\/p>\n<p><span data-contrast=\"auto\">Portaali eesm\u00e4rk on parandada geenidoonorite kasutajakogemust ja kaasatust teadusuuringutesse, t\u00e4iustada teadust\u00f6\u00f6 metoodikaid ning edendada geneetikaalaste teadmiste levikut. Samuti avab MGV v\u00f5imalusi geeniuuringute tulemuste rakendamiseks meditsiinis.<\/span><span data-ccp-props='{\"134233117\":false,\"134233118\":false,\"335551550\":0,\"335551620\":0,\"335559738\":240,\"335559739\":240}'>\u00a0<\/span><\/p>\n<h2 style=\"text-align: justify;\"><strong><br>Andmete v\u00e4ljastamine<\/strong><\/h2>\n<p><span data-contrast=\"auto\">Andmete ja bioloogilise materjali v\u00e4ljastamine on reguleeritud <a href=\"https:\/\/www.riigiteataja.ee\/akt\/86997?leiaKehtiv\">sotsiaalministri vastava m\u00e4\u00e4rusega<\/a> (RT I, 12.03.2019, 45), mille aluseks on <a href=\"https:\/\/www.riigiteataja.ee\/akt\/113032019064?leiaKehtiv\">Inimgeeniuuringute seaduse<\/a> (RT I, 13.03.2019, 64) \u00a7 20 l\u00f5ige 4.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/p>\n<p><span data-contrast=\"auto\">Andmete v\u00e4ljastamine toimub vastavalt EGV juhtimiss\u00fcsteemiga s\u00e4testatud protseduurile\u202f<\/span><b><span data-contrast=\"auto\">\u201cAndmete ja bioloogilise materjali v\u00e4ljastamine EGV-st\u201d.<\/span><\/b><span data-contrast=\"auto\">\u202fAndmete ja bioloogilise materjali v\u00e4ljastamise eelduseks on <a href=\"https:\/\/www.sm.ee\/eesti-bioeetika-ja-inimuuringute-noukogu\">Eesti bioeetika ja inimuuringute n\u00f5ukogult<\/a> (EBIN) vastava loa saamine. Bioloogilise materjali v\u00e4ljaviimiseks Eestist on vajalik t\u00e4iendavalt taotleda vastav luba Tartu \u00dclikooli senatilt.\u00a0<\/span><\/p>\n<p><b><span data-contrast=\"auto\">EGV andmebaasi alusel v\u00e4ljastatavate andmete\u202f<\/span><\/b><span data-contrast=\"auto\">hulka kuuluvad fenot\u00fc\u00fcbi andmed, sh tervise- ja sugupuu andmed, mis h\u00f5lmavad informatsiooni toitumise, sotsiaalse k\u00e4itumise jms kohta vastavalt geenidoonori tervise- ja sugupuu k\u00fcsimustikule. Kogu v\u00e4ljastatav andmestik on anon\u00fc\u00fcmne. T\u00e4iendavalt v\u00e4ljastatavate andmete hulka kuuluvad isiksuse testid ja vere biokeemia anal\u00fc\u00fcsi tulemused. Samuti on Eesti geenivaramu koosseisus hoiustatud Eesti Mikrobioomi kohordi andmestik, sealhulgas metagenoomi sekveneerimise andmed. Fenot\u00fc\u00fcbi andmete informatsiooni t\u00e4iendatakse regulaarselt erinevate andmebaasidega linkimise kaudu (v\u00e4hiregister, Eesti Haigekassa, surmaregister, T\u00dc Kliinikumi, PERH-i andmebaas jt).\u202f<\/span><b><span data-contrast=\"auto\">V\u00e4ljastatava bioloogilise materjali<\/span><\/b><span data-contrast=\"auto\">\u202fhulka kuuluvad DNA, plasma, WBC, RNA ja seerum.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/p>\n<p><span data-contrast=\"auto\">Proovide ja andmete v\u00e4ljastamise protsess algab eelp\u00e4ringuga, millega saadakse teavet uuringuks vajalike andmete ja\/v\u00f5i proovide olemasolu kohta. Seej\u00e4rel esitatakse uuringutaotlus Eesti geenivaramu teaduskomiteele, kes hindab teadusuuringu otstarbekust ja teaduslikku v\u00e4\u00e4rtust ning eesm\u00e4rkide ja tingimuste vastavust inimgeeniuuringute seadusele. Seej\u00e4rel peab uuringutaotlust hindama Eesti bioeetika ja inimuuringute n\u00f5ukogu, kes hindab planeeritava teadusuuringu vastavust andmekaitse n\u00f5uetele, eetilisi aspekte ja uuritavate isikute \u00f5iguste tagamiseks uurijate poolt rakendatud meetmete piisavust. K\u00f5igi vajalike koosk\u00f5lastuste saamise j\u00e4rel saab uurija esitada\u202f<\/span><b><span data-contrast=\"auto\">andmete v\u00e4ljastamise taotluse<\/span><\/b><span data-contrast=\"auto\">\u202fning s\u00f5lmida\u202f<\/span><b><span data-contrast=\"auto\">andmete v\u00e4ljastamise lepingu.\u202f<\/span><\/b><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/p>\n<p><span data-contrast=\"auto\">EGV v\u00e4ljastab Eesti akadeemilistele teadusasutustele teadusuuringuteks m\u00f5eldud andmeid tasuta, katta tuleb vaid otseselt v\u00e4ljastamisega seonduvad kulud (personali- ja laboritarvikute jooksvad kulud).\u202f V\u00e4lja on t\u00f6\u00f6tatud ja T\u00dc EGV direktori korraldusega kinnitatud\u202f <\/span><b><span data-contrast=\"auto\">hinnakiri <\/span><\/b><span data-contrast=\"auto\">\u202fbioloogilise materjali v\u00e4ljastamiseks Eesti Vabariigi avalik-\u00f5iguslikele isikutele ja riigiasutustele. Teiste klientide puhul, sh rahvusvahelised teadusasutused ja era\u00f5iguslikud ettev\u00f5tted, vaadatakse iga konkreetset projekti eraldi ja tehakse hinnapakkumine koost\u00f6\u00f6ks.<\/span><span data-ccp-props=\"{}\">\u00a0<\/span><\/p>\n<p><strong>T\u00e4psem info, sh andmete v\u00e4ljastamise vorm, on leitav <a href=\"https:\/\/genomics.ut.ee\/et\/eesti-geenivaramu\">geenivaramu kodulehel.<\/a>\u202f<\/strong><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Biobank<\/strong><\/h3>\n<p>\n\n\n\n<\/p>\n<p>Biopank tegeleb Eesti geenivaramu jaoks kogutud\u202f<strong>proovide t\u00f6\u00f6tlemise<\/strong>, <strong>hoiustamise<\/strong> ja <strong>v\u00e4ljastamisega<\/strong>.\u202fBiopangas hoiustatava materjali hulka kuulub genoomne DNA, vereplasma, valged vererakud, v\u00e4iksemate valimite puhul ka vereseerum, RNA, ja t\u00e4isveri. Samuti on biopanga koosseisus hoiustatud Eesti Mikrobioomi kohordi (EstMB) proovid \u2013 2509 geenidoonorilt kogutud suu ja soolestiku proovid ning neist eraldatud metagenoomne DNA.\u00a0<\/p>\n<p>\n\n\n\n<\/p>\n<p>Peamiseks pikaajaliseks hoiustamiskeskkonnaks on veeldatud l\u00e4mmastikul p\u00f5hinevad\u202f<strong>kr\u00fcomahutid\u202f Air Liquide RCB 600<\/strong>, mida on kokku 15. Olemasolevast veeldatud l\u00e4mmastiku s\u00e4ilitusmahust on geenivaramu proovidega t\u00e4idetud u 1 100 000 asukohta. Proovide pikaajaliseks hoiustamiseks on kasutusel ka -80\u00b0C ultrak\u00fclmikud, mida on hetkel kokku 15. Seejuures v\u00f5imaldavad olemasolevad ruumid ja s\u00fcsteemid t\u00f5sta hoiustamismahtu v\u00e4hemalt 20-30% v\u00f5rra ning laiendada hoiustatavate nimetuste hulka. K\u00f5ikide proovide s\u00e4ilitamise asukohad ja sellega seotud info on salvestatud <strong>biohoidla infos\u00fcsteemides<\/strong>.\u00a0<\/p>\n<p>\n\n\n\n<\/p>\n<p>Bioloogilise materjali v\u00e4ljastamise struktuuri olulisemaks seadmeks on\u202f<strong>Hamilton Active Sample Manager<\/strong><strong>\u202f<\/strong>hoiustamisrobot, mis v\u00f5imaldab koos\u202f<strong>Hamilton Microlab StarPlus<\/strong>\u202fpipeteerimisrobotiga hoiustada -20\u00b0C keskkonnas ligi 300 000 proovi alikvoote 1,0ml 2D-maatrikskoodiga m\u00e4rgistatud mikrotuubides, viia automatiseeritult l\u00e4bi nende sorteerimist (cherry-picking) hoiustamistemperatuuri juures ning v\u00e4ljastamist 96-asukohalistes mikroplaatides.\u202fKogu seadme t\u00f6\u00f6 on t\u00e4isautomaatne v\u00f5imaldades inimese sekkumiseta v\u00e4ljastada kuni 4000 proovi \u00f6\u00f6p\u00e4evas ning v\u00e4listades seejuures inimliku eksimuse v\u00f5imaluse. Seade v\u00e4hendab oluliselt kontaminatsiooni ohtu, pikendades sellega oluliselt t\u00f6\u00f6s olevate alikvootide kasulikku eluiga ja tagab k\u00f5rge kvaliteedi.\u00a0<\/p>\n<p>\n\n\n\n<\/p>\n<p>Proovide ja seadmete turvalisuse tagamiseks on biohoidla ruumides kasutusel automaatne gaaskustutuss\u00fcsteem ja juurdep\u00e4\u00e4su turvareeglid. Lisaks sellele on proovide keskkonna ja v\u00e4ljastusprotsessi katkematuse tagamiseks kasutusel katkematu toite allikad ning ka varugeneraator.\u00a0<\/p>\n<p>\n\n\n\n<\/p>\n<p>T\u00e4iendavalt on biopanga laboris kasutusel\u202f<strong>Hamilton easyBlood <\/strong>pipeteerimisrobot, mis v\u00f5imaldab automatiseeritult l\u00e4bi viia vereproovide fraktsioneerimist ja hoiustamiseks ettevalmistamist, <strong>PerkinElmer Chemagic 360 <\/strong>automatiseeritud nukleiinhapete eraldamise seade, mis v\u00f5imaldab l\u00e4bi viia DNA ja RNA eraldamise protokolle nii vereproovidest kui ka muudest proovimaterjalidest. Proovide t\u00e4iendavaks anal\u00fc\u00fcsiks v\u00f5i kvaliteedikontrolliks kasutatakse ka genoomika tuumiklabori (GT) seadmeid.\u00a0<\/p>\n<p>\n\n\n\n<\/p>\n<p>T\u00e4psem info kogutavate proovide ja nende hoiustamise kohta on leitav <a href=\"https:\/\/genomics.ut.ee\/et\/eesti-geenivaramu\">geenivaramu kodulehel<\/a>.<\/p>\n<p>\n\n\n<\/p>\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Kontakt<\/h2>\n\n\n\n<p><br><strong>T\u00dc Eesti geenivaramu<\/strong><br><\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/genomics.ut.ee\/et\/eesti-geenivaramu\">https:\/\/genomics.ut.ee\/et\/eesti-geenivaramu<\/a><br>info@geenidoonor.ee<\/p>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\"><\/h2>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tartu \u00dclikooli Eesti geenivaramu on riiklik populatsioonip\u00f5hine biopank, millega on liitunud u 20% Eesti t\u00e4isealisest elanikkonnast. Geenivaramus on \u00fcle 210\u202f000 inimese koeproovid, oomika andmed ja terviseinfo. K\u00f5igi geenidoonorite genoomid on anal\u00fc\u00fcsitud \u00fchel tehnilisel platvormil (Illumina GSA k\u00f5rgtihe kiip). Alates 2013. &#8230;<\/p>\n","protected":false},"author":154,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"inline_featured_image":false,"footnotes":""},"class_list":["post-10","page","type-page","status-publish","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/genoomikakeskus\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/10","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/genoomikakeskus\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/genoomikakeskus\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/genoomikakeskus\/wp-json\/wp\/v2\/users\/154"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/genoomikakeskus\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=10"}],"version-history":[{"count":19,"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/genoomikakeskus\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/10\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":235,"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/genoomikakeskus\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/10\/revisions\/235"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/genoomikakeskus\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=10"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}