Eesti genoomikakeskus

Genoomika tuumiklabor

TÜ genoomika instituudi tuumiklaboril on pikaajaline kogemus DNA genotüpiseerimise ning DNA ja RNA sekveneerimise valdkonnas. Genoomika tuumiklabor loodi 1. jaanuaril 2018. aastal TÜ Eesti geenivaramu ja Eesti biokeskuse laborite liitumisel, mis alustasid mõlemad tegevust 2006. aastal.

Tuumiklaboris on kasutusel Illumina genotüpiseerimise ja NGS (next generation sequencing) sekveneerimise tehnoloogia. Samuti pikkade järjestuste sekveneerimissüsteemid – PacBio ja Oxford Nanopore Technologies. Lisaks on laboril pikaajaline Sanger sekveneerimise tehnoloogia kasutamise kogemus. Tuumiklabor pakub oma teenuseid nii Eestis kui välismaal asuvatele teadus- ja meditsiiniasutustele. Suuremad kliendid väljaspool Tartu ülikooli on siiani olnud Soomest, Lätist ja Inglismaalt.

TÜ genoomika instituudi tuumiklabor on Eesti Akrediteerimiskeskuse poolt akrediteeritud katselabor reg. nr. L300 standardi EVS-EN ISO/IEC 17025:2017 nõuete suhtes.

Pakutavad teenused

Illumina iScan võimaldab kiibipõhist ülegenoomset genotüpiseerimist ja DNA metülatsiooni analüüsi.

Tuumiklabori poolt pakutavate genotüpiseerimisteenuste hulka kuuluvad kõik Illumina poolt pakutavad genotüpiseerimiskiibid ja genoomi metülatsioonimustrite määramist võimaldavad kiibid.

Meie teise põlvkonna sekveneerimise (Next-Generation Sequencing, NGS) masinapark võimaldab kasutada kõiki Illumina poolt pakutavaid rakendusi.

Tuumiklabori poolt pakutavad NGS sekveneerimisteenused hõlmavad:

kogu genoomi resekveneerimine või de novo sekveneerimine (short-read ja long-read),
suunatud ehk huvipakkuvate alade sekveneerimine (nt eksoom, vähi geenid, kaasasündinud haiguste geenid, rRNA geenid jms),
kogu transkriptoomi ehk RNA sekveneerimine,
valku kodeeriva mRNA sekveneerimine, valk-DNA interaktsioonide sekveneerimine (ChIPseq), bisulfit tehnoloogiaga sekveneerimine DNA metülatsiooni analüüsiks (sh kogu DNA või huvipakkuvate regioonide sekveneerimine),
metagenoomi sekveneerimine ehk erinevate organite (nt soolestiku või naha) või keskkonna bakterikoosluste määramine

Tuumiklabor pakub samuti Sanger sekveneerimise teenustööd. Analüüse viime läbi Applied Biosystemsi kapillaarelektroforeesimasinatel.

Vana DNAga töötamiseks on spetsiaalne puhaslabor, mis võimaldab hinnalisest arheoloogilisest materjalist kontrollitud tingimustes iidsetele organismidele kuuluvaid biomolekule eraldada, sealhulgas inimesest, loomsest ja taimsest materjalist ning setetest pärinevat pärilikkusainet. Labor pakub teenusena vana DNA eraldamist, puhastamist, genoomsete raamatukogude valmistamist ja sekveneerimist tuumiklabori NGS-platvormidel.

Genoomika tuumiklaboris kasutatav tehnoloogia

Illumina genotüpiseerimise ja sekveneerimise tehnoloogia

**Illumina iScan** – genotüpiseerimise ja metülatsiooni analüüsiks.

**Illumina MiSeq** – väiksemate genoomide (mikroorganismid) ja amplikonide sekveneerimiseks.

**Illumina NextSeq 2000** – suure ulatusega väga mitmekülgne sekvenaator, sobilik muuhulgas nii väikeste genoomide järjestamiseks, eksoomi-, transkriptoomi kui ka ühe raku tasemel uuringuteks.

Pikkade järjestuste sekveneerimiseks kasutatav tehnoloogia

**Oxford Nanopore Technologies PromethION 2 Solo**

Sanger sekveneerimise tehnoloogia

**Applied Biosystems 3730xl DNA Analyzer**

Genoomika tuumiklabor

Kontakt

TÜ genoomika instituudi tuumiklabor

https://genomics.ut.ee/et/sisu/genoomika-tuumiklabor
corefacility@ut.ee