EGK projekt

EGK projekt

Aastatel 2013-2015 toimus Eesti Genoomikakeskuse kui  taristu loomine, sh maailmatasemel genoomianalüüsi aparatuuri hankimine ning populatsioonipõhise genoomiandmestiku rikastamine. Muuhulgas tegi TÜ EGV 10 000 geenidoonori kiibianalüüsi (a 700 000 markerit) ja Eesti Biokeskus (EBK) tellis USA-st 300 üle Euraasia kogutud muu rahvuse esindaja täisgenoomi analüüsi.

EGK kui jätkuprojekti (2016-2022) eesmärgiks on tagada Eesti Genoomikakeskuse kui riiklikult tähtsa teaduse infrastruktuuri terviklik väljaarendamine.

Käimasoleva EGK projekti olulisemad eesmärgid on:

  • TÜ Eesti Geenivaramu (TÜ EGV) viib lõpule geenikaartide tegemise kõikidele geenidoonoritele - tehakse vähemalt 30 000 uut geenikaarti uue kõrgtiheda kiibiga Sellega jõuab TÜ EGV infrastruktuuri (DNA variantide andmebaas) arendamise faas lõpule. Luuakse maailmas unikaalne ning konkurentsivõimeline andmekogu kus 50 000 gd DNA profiilid on seotud elektroonilise haiguslooga.
  • TÜ EGV täiendab Geenivaramu andmekogu kvalitatiivselt uue mooduliga -  mikroobikoosluse proovidega soolestikust, jt. paikmetest. Kogutakse soolestiku mikroobiproovid esialgu kuni 2000 geenidoonorilt (ligi 4% kogu Geenivaramu valimist).
  • Eesti Biokeskus loob temporaalse genoomiandmete referentsbaasi, mis koosneb hinnaguliselt ca 426-st madala katvusega (0.1X), 300-st inimDNA kinnipüüdmismeetodiga sekveneeritud genoomist ning 5-st kõrge katvusega (20X) inimgenoomi DNA järjestusest, mis on sekveneeritud arheoloogiliselt hästi kirjeldatud leiukohtadest pärit inimsäilmetest. Eesmärk on katta Eesti ja lähialade (või muidu oluliste nagu Lõuna Uurali piirkond) olulised arheoloogiliste kultuuride üleminekud alates mesoliitikumist ning samuti Eesti aladel linna ja maarahva kujunemine (muinas- ja) keskajal. See on oluline varjatud sugupuude identifitseerimiseks, mis võimaldab geneetilise assotsiatsiooniuuringute statistilise võimsuse tõstmist ning leida harvade haiguseoseliste alleelide kandjad TÜ EGV valimis.