{"id":5,"date":"2024-04-03T23:15:02","date_gmt":"2024-04-03T20:15:02","guid":{"rendered":"https:\/\/sisu.ut.ee\/geneetika1\/2-vordlev-genoomika\/"},"modified":"2024-04-10T10:37:55","modified_gmt":"2024-04-10T07:37:55","slug":"2-vordlev-genoomika","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/sisu.ut.ee\/geneetika1\/2-vordlev-genoomika\/","title":{"rendered":"2. V\u00f5rdlev genoomika"},"content":{"rendered":"

V\u00f5rdlev genoomika<\/strong> on geneetika haru, mis uurib genoomi struktuuri ja funktsiooni erinevate bioloogiliste liikide v\u00f5i liinide vahel eesm\u00e4rgiga tuvastada geene ja uusi mitte \u2013 kodeerivaid elemente genoomis.<\/span><\/p>\n

Eetikan\u00f5uete t\u00f5ttu pole eksperimentaalseid h\u00fcpoteese v\u00f5imalik testida inimsubjektide peal. Seep\u00e4rast on enamus p\u00e4rilikkuse seadusp\u00e4rasusi uuritud mudels\u00fcsteemides.<\/p>\n

Mudels\u00fcsteemid<\/h2>\n

Mudels\u00fcsteeme on suur valik ainuraksetest imetajateni. N\u00e4iteks on klassikalised hulkraksed mudelid r\u00f5nguss Caenorhabditis elegans \u00a0<\/em>v\u00f5i \u00e4\u00e4dikak\u00e4rbes\u00a0Drosophila melanogaster\u00a0<\/em><\/em>ja taimedest harilik m\u00fc\u00fcrlook\u00a0Arabidopsis thaliana<\/em>.\u00a0<\/em><\/p>\n\n\n\n\n
\"genoomika2-1.png\"<\/td>\n\"genoomika2-2.png\"<\/td>\n<\/tr>\n
R\u00f5nguss
\nhttp:\/\/www.mun.ca\/biology\/scarr\/
\n4241_Devo_Germ_Celegans.html<\/a><\/td>\n		M\u00fc\u00fcrlook
\nhttp:\/\/www.delawarewildflowers.org\/
\nplant.php?id=0122<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

Imetajatest kasutatakse mudelorganismidena koduhiirt (<\/span>Mus musculus<\/em>)\u00a0<\/span>ja r\u00e4ndrotti (Rattus norvegicus<\/em>).<\/p>\n

V\u00f5rdleva genoomika meetodite kasutamisel on v\u00f5imalik ennustada inimese geene ja kontrollida nende olemasolu laboratoorsete meetoditega.<\/span><\/p>\n

V\u00f5rdlev genoomika ei keskendu ainult uute geenide otsingutele inimese ja mudelorganismide genoomide anal\u00fc\u00fctilisel hindamisel, vaid uurib ka teisi funktsionaalseid genoomi elemente nagu transkriptsioonifaktorite seondumissaidid (DNA elemendid).<\/p>\n

Meetodid<\/h2>\n

Meetoditena kasutatakse peamiselt genoomide kaardistamisi ja sekveneerimist.<\/p>\n

V\u00f5rdluseks kasutatakse sageli kahte bioinformaatilist programmi VISTA (http:\/\/www-gsd.lbl.gov\/vista<\/a>) ja PIPMAKER (http:\/\/bio.cse.psu.edu\/pipmaker<\/a>). Programmide abil saab suuri DNA j\u00e4rjestuste blokke anal\u00fc\u00fcsida konserveerunud regioonide osas teistel liikidel. Nimetatud programmid leiavad geene ja regulatoorseid j\u00e4rjestusi m\u00f5lemasuunaliselt\u00a0 DNA ahelates ja programmide abi v\u00f5ib kasutada kui genoomi evolutsiooni ja ajaloomehhanismide m\u00f5istmise alust.<\/p>\n

\"genoomika2-3.png\"<\/p>\n

Skeemil Brassica napa<\/em> (kapsaliik) 4 genoomset regiooni, mis on homoloogsed Arabidopsis thaliana<\/em> (harilik m\u00fc\u00fcrlook) vastavate genoomsete regioonidega (t\u00e4histatud kolmnurksete kastidega).\u00a0http:\/\/www.versailles.inra.fr\/urgv\/analysis-genomeOrg-oepg.htm<\/a><\/p>\n

Mudelorganismide andmebaasidesse on integreeritud v\u00f5rdleva genoomika moodulid, n\u00e4iteks roti genoomi andmebaasi serverisse virtuaalne v\u00f5rdluskaart Vcmap (<\/span>http:\/\/rgd.mcw.edu\/VCMAP<\/a>). Samuti on v\u00f5imalik luua v\u00f5rdluskaart mingi osa kohta genoomis (inimene, rott, hiir), kasutades s\u00fcnteensete regioonide ennustamise algoritme koos genoomikaartide ja genoomsete j\u00e4rjestustega.<\/span><\/p>\n

Milliste organismide genoomid on sekveneeritud?
\nVastuse leiad \u00a0aadressil: http:\/\/www.genome.gov\/11509542<\/a><\/span><\/h6>\n

Mudelorganismid hiir ja rott<\/h2>\n

Just v\u00f5rdleva genoomika abil oli v\u00f5imalik n\u00e4idata, et hiire ja roti DNA j\u00e4rjestused on primaatide, s.h. inimese omale l\u00e4hemal kui sea ja koera j\u00e4rjestused. Hiire ja roti mudelite eeliseks on kiire sigivus, mis v\u00f5imaldab p\u00e4rilike tunnuste eksperimentaalseid uuringuid \u2013 selektiivne paardumine, segregatsioonianal\u00fc\u00fcs, keskkonnafaktorite m\u00f5ju uurimine.<\/p>\n

Enamasti kasutatakse inbriiditud liine, sest need loomad on geneetiliselt identsed soo ja liini piires ning see v\u00f5imaldab v\u00e4ltida geneetilist heterogeensust, mis on omane inimpopulatsioonidele.<\/p>\n

Transgeensed loomaliinid<\/strong> \u2013 spetsiaalse geeni insertsioon retsipiendi genoomi vektoriga.\u00a0Kui geen on koos koespetsiifilise promootoriga, siis ekspresseerub ta ainult selles koes. Sisseviidav geen ei pea olema sama liigi geen, seega transgeensed hiired v\u00f5ivad ekspresseerida inimese geene.<\/p>\n

Knock \u2013 out<\/strong> hiiremudelis on spetsiaalne geen l\u00fclitatud t\u00e4ielikult v\u00e4lja ning\u00a0Knock \u2013 down<\/strong> hiiremudelis on geeniekspressioon ja \u2013funktsioon limiteeritud RNA interferentsi kasutades.<\/p>\n

Viimatinimetatud loommudelid on t\u00e4nap\u00e4eval v\u00f5imalikud ainult hiirel.<\/p>\n

Skeem hiire ja roti andmete integreerimisest inimese haiguste uurimisel<\/h2>\n

\"genoomika2-4.png\"<\/p>\n

V\u00f5rdleva genoomika uuringutes kasutatakse roti- ja hiiremudelite andmeid f\u00fcsioloogia, geneetika ja fenot\u00fc\u00fcpide kohta et v\u00e4lja valida kandidaatlookusi inmese haiguste uurimiseks. Roti eeliseks mudelorganismina on suur k\u00e4ttesaadava f\u00fcsioloogilise ja farmakoloogilise informatsiooni hulk. Roti sisearetusega ja transgeensed liinid on kliiniliste fenot\u00fc\u00fcpide mudelid uute ravimite testimiseks. Hiiremudeli eeliseks on geeni knock \u2013 out tehnoloogia v\u00f5imalikkus. ENU \u2013 ethylnitrosourea; QTL \u2013 quantitative trait loci.\u00a0http:\/\/www.nature.com\/nrg\/journal\/v3\/n1\/fig_tab\/nrg702_F1.html<\/a><\/p>\n

Millist kasu saab inimene v\u00f5rdleva genoomika uuringutest?
\nVastuse leiad aadressil: http:\/\/www.genome.gov\/11509542<\/a><\/span><\/h6>\n

V\u00f5rdlev genoomika on noor valdkond, millel lasuvad lootused saada uusi teadmisi kaasaegsete liikide evolutsiooni kohta.<\/span><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

V\u00f5rdlev genoomika on geneetika haru, mis uurib genoomi struktuuri ja funktsiooni erinevate bioloogiliste liikide v\u00f5i liinide vahel eesm\u00e4rgiga tuvastada geene ja uusi mitte \u2013 kodeerivaid elemente genoomis. Eetikan\u00f5uete t\u00f5ttu pole eksperimentaalseid h\u00fcpoteese v\u00f5imalik testida inimsubjektide peal. Seep\u00e4rast on enamus p\u00e4rilikkuse …<\/p>\n","protected":false},"author":280,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"inline_featured_image":false,"footnotes":""},"class_list":["post-5","page","type-page","status-publish","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/geneetika1\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/5","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/geneetika1\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/geneetika1\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/geneetika1\/wp-json\/wp\/v2\/users\/280"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/geneetika1\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=5"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/geneetika1\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/5\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":80,"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/geneetika1\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/5\/revisions\/80"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/sisu.ut.ee\/geneetika1\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=5"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}